Còn nhỏ ở với gia đình, ngụ tại xã Bình An Trung (nay đã chia thành hai xã Bình Thạnh Trung và Hội An Đông), huyện Lấp Vò, tỉnh Sa Đéc (nay là tỉnh Đồng Tháp)[2]. Năm 1960, tham gia cách mạng tại thị xã Long Xuyên, tỉnh An Giang, làm công tác Đoàn thanh niên học sinh và công tác sinh viên học sinh[2].

Năm 1963 công tác trong Đội an ninh mật của thị xã Long Xuyên, An Giang[2].

Từ năm 1965 đến 1968, hoạt động ban cán sự công vận của thị xã Long Xuyên, An Giang[2].

Từ năm 1968 đến 1972 là Chánh văn phòng thị xã Long Xuyên, An Giang kiêm Trưởng ban an ninh (từ 1970) [2].

Từ năm 1972 đến 30 tháng 4 năm 1975 là Trưởng ban an ninh thị xã, Chính trị viên thị đội, Phó bí thư thị xã Long Xuyên, An Giang[2].

Năm 1980 là Phó ban chỉ huy an ninh của công an tỉnh An Giang[2].

Năm 1985 là Phó giám đốc phụ trách an ninh của Công an tỉnh An Giang[2].

Năm 1987 là Giám đốc Công an tỉnh An Giang[2]. Theo Chánh thanh tra Bộ Công an Nguyễn Huy Tần, trong thời gian này thanh tra bộ Công an đã kết luận ông có sai phạm. Song ý kiến thanh tra không được ủng hộ, ông Năm Huy được chuyển về TP.HCM rồi được vào trung ương[3] Việc được đề bạt lên chức của Bùi Quốc Huy khi đã có dư luận[4], ý kiến của Thanh tra Bộ công an, đã được điều tra nghiêm túc nhưng theo Bộ trưởng Bộ Công an Lê Hồng Anh vẫn không thể có kết luận về việc có chạy quyền, chạy chức.[5]

Năm 1990 là Phó Tổng cục trưởng, năm 1991 là Tổng cục trưởng Tổng cục An ninh, Bộ Công an[2].

Tháng 4/1996 là Giám đốc Công an Thành phố Hồ Chí Minh[2].

Tháng 7/2001 là Thiếu tướng An ninh, Thứ trưởng Bộ Công an phụ trách công tác xây dựng lực lượng[2].